PDBi (Protein Data Bank in India)

All in One Protein Databank
Home About Help Resources External Links Contact Us
Advanced Search
FASTA Sequence PDB Format mmCIF Format
FASTA Sequence PDB Format PDB Format(gz) PDBx/mmCIF Format PDBx/mmCIF Format(gz) PDBML/XML Format Validation Full PDF Validation CIF

9O7M

Cryo-em structure of yfdq reveals a widespread novel family of bacteriophage-associated proteins with shell-like assemblies

PDB DOI: 10.2210/pdb9o7m/pdb

Classification: VIRAL PROTEIN
Organism(s): Caudoviricetes

Deposited: 2025-04-15
Deposition Author(s): Araujo, G.G. , Guzzo, C.R. , Merighi, D.G.S.

Experimental Data Snapshot

Method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 3.9 Å

9o7m
Literature

Cryo-em structure of yfdq reveals a widespread novel family of bacteriophage-associated proteins with shell-like assemblies

Araujo, G.G. , Guzzo, C.R. , Merighi, D.G.S.

Primary Citation of Related Structures: 9O7M


Proteins
Molecule Chains Sequence Length Organism Sequence
YfdQ Protein C 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein D 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein E 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein F 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein G 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein H 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein I 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein J 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein K 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein L 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein M 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein N 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein O 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein P 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein Q 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein R 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein S 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein T 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein U 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein V 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein W 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein X 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein Y 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein Z 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein A 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
YfdQ Protein B 274 Caudoviricetes MDKSAIEAIQDSSAAAAKATQEQIPAGITHLVAVPNGVTLQNVEISLAGRTRFRGKLVTSSIPDFVTYVKNREGGHGFIDTDKLGATVFFNLGDADKPGHADHTARLTLQATPAYLAMLAAGGKAFSQRDALDFIEDWSHLIGAHQVSDDGAFSPIPLARAIAAIRKVKIKAESTTEQTEGNFQQSRSVLESVAASSDEGLPDVLSFRTEPYLGLPERTFHMRVSVSTTGREPSLRFRVIALEQEQDEIAKQFKALLLGEVGEAASMTIGTFTP
Experimental Data

Method: ELECTRON MICROSCOPY

Deposited Date: 2025-04-15
Deposition Author(s): Araujo, G.G. , Guzzo, C.R. , Merighi, D.G.S.