PDBi (Protein Data Bank in India)

All in One Protein Databank
Home About Help Resources External Links Contact Us
Advanced Search
FASTA Sequence PDB Format mmCIF Format
FASTA Sequence PDB Format PDB Format(gz) PDBx/mmCIF Format PDBx/mmCIF Format(gz) PDBML/XML Format Validation Full PDF Validation CIF

9DZE

Computationally designed bifaceted protein nanomaterial pd5-14

PDB DOI: 10.2210/pdb9dze/pdb

Classification: DE NOVO PROTEIN
Organism(s): Synthetic Construct

Deposited: 2024-10-16
Deposition Author(s): Borst, A.J. , Carr, K.D. , Weidle, C.

Experimental Data Snapshot

Method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 4.3 Å

9dze
Literature

Computationally designed bifaceted protein nanomaterial pd5-14

Borst, A.J. , Carr, K.D. , Weidle, C.

Primary Citation of Related Structures: 9DZE


Proteins
Molecule Chains Sequence Length Organism Sequence
pD5-14 C component A 511 Synthetic Construct MGSKGEAVIKEFMRFKVHMEGSMNGHEFEIEGEGEGRPYEGTQTAKLKVTKGGPLPFSWDILSPQFMYGSRAFIKHPADIPDYYKQSFPEGFKWERVMNFEDGGAVTVTQDTSLEDGTLIYKVKLRGTNFPPDGPVMQKKTMGWEASTERLYPEDGVLKGDIKMALRLKDGGRYLADFKTTYKAKKPVQMPGAYNVDRKLDITSHNEDYTVVEQYERSEGRHSTGGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRLVSERALSIAASSVKQGNYEVKEKAIRVAKEANKQAG
pD5-14 C component B 511 Synthetic Construct MGSKGEAVIKEFMRFKVHMEGSMNGHEFEIEGEGEGRPYEGTQTAKLKVTKGGPLPFSWDILSPQFMYGSRAFIKHPADIPDYYKQSFPEGFKWERVMNFEDGGAVTVTQDTSLEDGTLIYKVKLRGTNFPPDGPVMQKKTMGWEASTERLYPEDGVLKGDIKMALRLKDGGRYLADFKTTYKAKKPVQMPGAYNVDRKLDITSHNEDYTVVEQYERSEGRHSTGGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRLVSERALSIAASSVKQGNYEVKEKAIRVAKEANKQAG
pD5-14 C component C 511 Synthetic Construct MGSKGEAVIKEFMRFKVHMEGSMNGHEFEIEGEGEGRPYEGTQTAKLKVTKGGPLPFSWDILSPQFMYGSRAFIKHPADIPDYYKQSFPEGFKWERVMNFEDGGAVTVTQDTSLEDGTLIYKVKLRGTNFPPDGPVMQKKTMGWEASTERLYPEDGVLKGDIKMALRLKDGGRYLADFKTTYKAKKPVQMPGAYNVDRKLDITSHNEDYTVVEQYERSEGRHSTGGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRLVSERALSIAASSVKQGNYEVKEKAIRVAKEANKQAG
pD5-14 C component D 511 Synthetic Construct MGSKGEAVIKEFMRFKVHMEGSMNGHEFEIEGEGEGRPYEGTQTAKLKVTKGGPLPFSWDILSPQFMYGSRAFIKHPADIPDYYKQSFPEGFKWERVMNFEDGGAVTVTQDTSLEDGTLIYKVKLRGTNFPPDGPVMQKKTMGWEASTERLYPEDGVLKGDIKMALRLKDGGRYLADFKTTYKAKKPVQMPGAYNVDRKLDITSHNEDYTVVEQYERSEGRHSTGGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRLVSERALSIAASSVKQGNYEVKEKAIRVAKEANKQAG
pD5-14 C component E 511 Synthetic Construct MGSKGEAVIKEFMRFKVHMEGSMNGHEFEIEGEGEGRPYEGTQTAKLKVTKGGPLPFSWDILSPQFMYGSRAFIKHPADIPDYYKQSFPEGFKWERVMNFEDGGAVTVTQDTSLEDGTLIYKVKLRGTNFPPDGPVMQKKTMGWEASTERLYPEDGVLKGDIKMALRLKDGGRYLADFKTTYKAKKPVQMPGAYNVDRKLDITSHNEDYTVVEQYERSEGRHSTGGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRLVSERALSIAASSVKQGNYEVKEKAIRVAKEANKQAG
pD5-14 D component F 515 Synthetic Construct MGSKGEEDNMASLPATHELHIFGSINGVDFDMVGQGTGNPNDGYEELNLKSTKGDLQFSPWILVPHIGYGFHQYLPYPDGMSPFQAAMVDGSGYQVHRTMQFEDGASLTVNYRYTYEGSHIKGEAQVKGTGFPADGPVMTNSLTAADWCRSKKTYPNDKTIISTFKWSYTTGNGKRYRSTARTTYTFAKPMAANYLKNQPMYVFRKTELKHSKTELNFKEWQKAFTDVMGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLKRVSETLLSIAAEATKQGNSEVMEKAIRVSEEAEKQAG
pD5-14 D component G 515 Synthetic Construct MGSKGEEDNMASLPATHELHIFGSINGVDFDMVGQGTGNPNDGYEELNLKSTKGDLQFSPWILVPHIGYGFHQYLPYPDGMSPFQAAMVDGSGYQVHRTMQFEDGASLTVNYRYTYEGSHIKGEAQVKGTGFPADGPVMTNSLTAADWCRSKKTYPNDKTIISTFKWSYTTGNGKRYRSTARTTYTFAKPMAANYLKNQPMYVFRKTELKHSKTELNFKEWQKAFTDVMGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLKRVSETLLSIAAEATKQGNSEVMEKAIRVSEEAEKQAG
pD5-14 D component H 515 Synthetic Construct MGSKGEEDNMASLPATHELHIFGSINGVDFDMVGQGTGNPNDGYEELNLKSTKGDLQFSPWILVPHIGYGFHQYLPYPDGMSPFQAAMVDGSGYQVHRTMQFEDGASLTVNYRYTYEGSHIKGEAQVKGTGFPADGPVMTNSLTAADWCRSKKTYPNDKTIISTFKWSYTTGNGKRYRSTARTTYTFAKPMAANYLKNQPMYVFRKTELKHSKTELNFKEWQKAFTDVMGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLKRVSETLLSIAAEATKQGNSEVMEKAIRVSEEAEKQAG
pD5-14 D component I 515 Synthetic Construct MGSKGEEDNMASLPATHELHIFGSINGVDFDMVGQGTGNPNDGYEELNLKSTKGDLQFSPWILVPHIGYGFHQYLPYPDGMSPFQAAMVDGSGYQVHRTMQFEDGASLTVNYRYTYEGSHIKGEAQVKGTGFPADGPVMTNSLTAADWCRSKKTYPNDKTIISTFKWSYTTGNGKRYRSTARTTYTFAKPMAANYLKNQPMYVFRKTELKHSKTELNFKEWQKAFTDVMGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLKRVSETLLSIAAEATKQGNSEVMEKAIRVSEEAEKQAG
pD5-14 D component J 515 Synthetic Construct MGSKGEEDNMASLPATHELHIFGSINGVDFDMVGQGTGNPNDGYEELNLKSTKGDLQFSPWILVPHIGYGFHQYLPYPDGMSPFQAAMVDGSGYQVHRTMQFEDGASLTVNYRYTYEGSHIKGEAQVKGTGFPADGPVMTNSLTAADWCRSKKTYPNDKTIISTFKWSYTTGNGKRYRSTARTTYTFAKPMAANYLKNQPMYVFRKTELKHSKTELNFKEWQKAFTDVMGMDELYKGSGSGPELFLQDLRSLVEAARILARLARQRGDEHALERAARWAEQAARQAERLARQARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEELLEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNFELALEALEIINEAARVLARIAHHRGNQELLEKAASLTHASAALSRAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLKRVSETLLSIAAEATKQGNSEVMEKAIRVSEEAEKQAG
pD5-14 B component K 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
pD5-14 B component L 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
pD5-14 B component M 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
pD5-14 B component N 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
pD5-14 B component O 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
pD5-14 B component P 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
pD5-14 B component Q 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
pD5-14 B component R 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
pD5-14 B component S 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
pD5-14 B component T 320 Synthetic Construct MGSPRLVLRALENMVRAAHTLAEIARDNGNEEWLERAARLAEEVARRAERLAREARKEGNLELALKALQILVNAAYVLAEIARDRGNEEELEYAARLAEEAARQAIEIAAQAMEEGNLELALKALQIIVNAAYVLAEIARDRGNEELLEKAASLAEAAAALAEAIAAILEGDVEKAVRAAQEAVKAAKEAGDNDMLRAVAIAALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALRIAKEAEKQGNVEVAVKAARVAVEAAKQAGDNDVLRKVAEQALEIAKKAAEQGDVGVMQKAMDVALRAAGQAG
Experimental Data

Method: ELECTRON MICROSCOPY

Deposited Date: 2024-10-16
Deposition Author(s): Borst, A.J. , Carr, K.D. , Weidle, C.