PDBi (Protein Data Bank in India)

All in One Protein Databank
Home About Help Resources External Links Contact Us
Advanced Search
FASTA Sequence PDB Format mmCIF Format
FASTA Sequence PDB Format PDB Format(gz) PDBx/mmCIF Format PDBx/mmCIF Format(gz) PDBML/XML Format Validation Full PDF Validation CIF

8V2D

Computational designed nanocage o43_129

PDB DOI: 10.2210/pdb8v2d/pdb

Classification: DE NOVO PROTEIN
Organism(s): Synthetic Construct

Deposited: 2023-11-22
Deposition Author(s): Kibler, R.D. , Weidle, C.

Experimental Data Snapshot

Method: ELECTRON MICROSCOPY
Resolution: 6.77 Å

8v2d
Literature

Computational designed nanocage o43_129

Kibler, R.D. , Weidle, C.

Primary Citation of Related Structures: 8V2D


Proteins
Molecule Chains Sequence Length Organism Sequence
O43_129 component A Y 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A A 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A C 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A D 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A E 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A F 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A G 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A H 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A I 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A L 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A M 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A N 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A O 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A P 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A Q 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A R 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A S 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component B T 309 Synthetic Construct MGDDLLLKLLELLVEQARVSAEFARRQGDEKMLEEVARKAEEVARKAESIARKARKEGNLELALKALEILVRAAHVLAEIARERGNEELQKKAHKLAKEALRQVIEIAIRAIQEGNLELAIIALHISVRIAEVLLETRPDDREEIREQQAIFELLIAALEAAIRLEKLKEEGAPPEQIERVAEHGLERLKEIAKEISKEVDSPESKRIAYKIVAAAAEFLLKILAEGGATPEQLERVTEHALEVLKEVAKELADSPESGLAALAAIASLAKLGLEQLKEIGAPPEQQRRVTKAGIEAVREIYRYGRKLY
O43_129 component B U 309 Synthetic Construct MGDDLLLKLLELLVEQARVSAEFARRQGDEKMLEEVARKAEEVARKAESIARKARKEGNLELALKALEILVRAAHVLAEIARERGNEELQKKAHKLAKEALRQVIEIAIRAIQEGNLELAIIALHISVRIAEVLLETRPDDREEIREQQAIFELLIAALEAAIRLEKLKEEGAPPEQIERVAEHGLERLKEIAKEISKEVDSPESKRIAYKIVAAAAEFLLKILAEGGATPEQLERVTEHALEVLKEVAKELADSPESGLAALAAIASLAKLGLEQLKEIGAPPEQQRRVTKAGIEAVREIYRYGRKLY
O43_129 component B V 309 Synthetic Construct MGDDLLLKLLELLVEQARVSAEFARRQGDEKMLEEVARKAEEVARKAESIARKARKEGNLELALKALEILVRAAHVLAEIARERGNEELQKKAHKLAKEALRQVIEIAIRAIQEGNLELAIIALHISVRIAEVLLETRPDDREEIREQQAIFELLIAALEAAIRLEKLKEEGAPPEQIERVAEHGLERLKEIAKEISKEVDSPESKRIAYKIVAAAAEFLLKILAEGGATPEQLERVTEHALEVLKEVAKELADSPESGLAALAAIASLAKLGLEQLKEIGAPPEQQRRVTKAGIEAVREIYRYGRKLY
O43_129 component B W 309 Synthetic Construct MGDDLLLKLLELLVEQARVSAEFARRQGDEKMLEEVARKAEEVARKAESIARKARKEGNLELALKALEILVRAAHVLAEIARERGNEELQKKAHKLAKEALRQVIEIAIRAIQEGNLELAIIALHISVRIAEVLLETRPDDREEIREQQAIFELLIAALEAAIRLEKLKEEGAPPEQIERVAEHGLERLKEIAKEISKEVDSPESKRIAYKIVAAAAEFLLKILAEGGATPEQLERVTEHALEVLKEVAKELADSPESGLAALAAIASLAKLGLEQLKEIGAPPEQQRRVTKAGIEAVREIYRYGRKLY
O43_129 component A Z 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A J 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A K 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A X 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
O43_129 component A B 328 Synthetic Construct MGCDAIQAAAALGEAGISSNEILELLAAAAELGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDAIAAAADLGQAGVSPVEILALLIAASVLGLDPDAIQAAAALGEAGISAEEIIELLTAARDLGLDPDAIQAAAQLGEAGISSEEIKELLRAAHELGLDPDCIAAAADLGQAGISSSEITALLLAAAAIELAKRADDKDVREIVRDALELASRSTNDEVIRLALEAAVLAARSTDSDVLEIVKDALELAKQSTNEEVIKLALKAAVLAAKSTDEEVLEEVKEALRRAKESTDEEEIKEELRKAVEEAEGGSWLEHHHHHH
Experimental Data

Method: ELECTRON MICROSCOPY

Deposited Date: 2023-11-22
Deposition Author(s): Kibler, R.D. , Weidle, C.