6JLU
Structure of psii-fcp supercomplex from a centric diatom chaetoceros gracilis at 3.02 angstrom resolution
PDB DOI: 10.2210/pdb6jlu/pdb
Classification: PLANT PROTEIN Organism(s): Chaetoceros Gracilis
Deposited: 2019-03-06 Deposition Author(s): Kuang, T. , Pi, X. , Shen, J. , Sui, S. , Wang, W. , Zhao, S.
Experimental Data Snapshot
Method: ELECTRON MICROSCOPY Resolution: 3.02 Å
| Proteins | ||||
|---|---|---|---|---|
| Molecule | Chains | Sequence Length | Organism | Sequence |
| PsbA | A | 359 | Chaetoceros Gracilis | MTATLERREGVSLWERFCAWITSTENRLYIGWFGCLMFPTLLTATSCFIIAFIAAPPVDIDGIREPVSGSLLYGNNIISGAVVPSSNAIGMHFYPIWEAASVDEWLYNGGPYQLIVLHFLLGVSAYMGREWELSYRLGMRPWIFVAFSAPVAAASAVFLVYPIGQGSFSDGMPLGISGTFNFMLVFQAEHNILMHPFHMAGVAGVFGGSLFSAMHGSLVTSSLIRETTENESTNYGYKFGQEEETYNIVAAHGYFGRLIFQYASFNNSRALHFFLALWPVVGIWITAMGISTMAFNLNGFNFNQSVVDSQGRVINTWADILNRANLGIEVMHERNAHNFPLDLASGDVLPVALTAPAVN |
| PsbJ | J | 34 | Chaetoceros Gracilis | GRVPLWLVGLVGGFAVITIVSLFIYGSYSGLGSS |
| PsbK | K | 37 | Chaetoceros Gracilis | KLPEAYAFLNPIVDVMPVIPVLFFLLAFVWQAAVSFR |
| PsbL | L | 38 | Chaetoceros Gracilis | MTGPNPNKQAVELNRTSLYWGLLLIFVLAVLFSSYFFN |
| PsbM | M | 41 | Chaetoceros Gracilis | EVQFGAYLAVLLGTFLPALFLVNLFIQTEARKAGKAGGQDS |
| Psb34 | N | 30 | Chaetoceros Gracilis | XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX |
| Extrinsic protein in photosystem II | O | 249 | Chaetoceros Gracilis | ALTKSQINELSYLQVKGTGLANRCAEVVGEDSIKPKPGAKLVDMCIEPKAWAVEEEVGKAGKTEKKFVNSKVMTRQTYTLDAIEGPITVDGGKITFSEKEGIDYAATTVQLPGGERVPFLFTVKDLVAKGNGDTFKPGFQMGGDFNTPSYRTGLFLDPKGRGGTTGYDMAVALPALQLGEEGDAELFGENNKVFDITQGRIEMEVNKVNAEDSEIGGVFVATQLSDTDMGSKTPKKVLTKGIFYAKVEQ |
| FCP-D | P | 226 | Chaetoceros Gracilis | PSADAWANSVESKALPFARAPATLDGTMLGDFGFDPLGFSTVPVGPWFTGIQGRNGEIGNLKWYREAELIHGRIAQVAVVGFIAPGLFGTLPGNEWTGVDAYSNLNPLEAFSQVPGLAILQIFLFMSYLEIRRINIIKEEGENYMPGDLRIGQGEGRWNPFGLDYSPEAYEEKRLQELKHCRLAMIGVFGLWAQAQASGVGVTEQIGAALTTPDYYAKAGYFLPEG |
| Extrinsic protein in photosystem II | Q | 211 | Chaetoceros Gracilis | MKSAICFVALAASASAFAPEANNARVATSVNAEARREVFGKIAAAGAAFLPVAANAAVGESPRFSVFGLIGDGTSYSEGAAYGTDQADKLYSPYSVYSPEGEKSLYKPDSAEYLARKKAVLAETKNRLQKIPGYVDKKEWFNVKDELTRYMYETRGAVRSLSSSVTQKEKAEVFFRALEDTYGAATLKKGDAVKASNDKAIAALDAFTATL |
| PsbG | R | 73 | Chaetoceros Gracilis | XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX |
| PsbT | T | 31 | Chaetoceros Gracilis | MEALVYTFLLIGTLMVIFFAVFFRETPRILR |
| PsbB | B | 509 | Chaetoceros Gracilis | MALPWYRVHTVVLNDPGRLIAVHLMHTALVAGWAGSMALYELAVFDPSDPVLNPMWRQGMFVMPFMTRLGITDSWGGWSITGESVSNPGIWSFEGVALSHIILSGMCFLAAIWHWVYWDLELFRDPRTGEPALDLPKIFGIHLFLSGLLCFGFGAFHVTGLFGPGIWVSDAYGITGKVQPVAPAWGADGFNPFNPGGIAAHHIAAGIFGIFAGIFHLTVRPPQRLYRALRMGNIETVLSSSISAVFFAAFVTSGTMWYGAAATPIELFGPTRYQWDSGYFQQEIERQVETSVSEGLSESQAWSRIPDKLAFYDYIGNNPAKGGLFRAGPMNKGDGIAEAWLGHPIFRDKEGRELTVRRMPAFFETFPVILVDKDGIIRADIPFRRAESKYSIEQVGVTVDFYGGKLNGQTFKDAPTVKKFARKAQLGEVFEFDRTSLESDGVFRSSPRGWYTYGHANFALLFFFGHLWHGGRTIFRDVFTGIGAEVTEQVEFGAFQKLGDKSTKKQGAV |
| Extrinsic protein in photosystem II | U | 93 | Chaetoceros Gracilis | VIDYENIGYLGGSSIVDINNANIRAYLKMPGMYPTVAGKIVSHGPYSGVSDLYKIPGLSSAEADVIKKYESRLTAKTPSPDYVIDRINNGLYR |
| Cytochrome c-550 | V | 137 | Chaetoceros Gracilis | IDLDEATRTVVVDNAGNTTVLTPEQVKRGKRLFNATCGACHVGGITKTNPNVGLDPEALSLATPRRDNINALVDYIKNPTTYDGLESIAEVHPSIKSADIYPRMRSLTDEDLYSIAGHIMLSPKIASEKWGGGKIYY |
| PsbW | W | 51 | Chaetoceros Gracilis | NARFANGKPQSIEAKYIMRSPAEWDRFMRFMDRYAEANGLGFSSXXXXXXX |
| Photosystem II reaction center X protein | X | 35 | Chaetoceros Gracilis | MTASLSNFIASLIAGGVVVGVIAIALIVISKSDRI |
| PsbY | Y | 33 | Chaetoceros Gracilis | DTRLLVIAAPVLVAASWALFNIGRLAIQQIQRL |
| PsbZ | Z | 61 | Chaetoceros Gracilis | MITALTALFVLVSLALVVTVPVALATPGEWETSKDQFNKIFQLWVGLVVAIATADGISTAI |
| FCP-E | 0 | 178 | Chaetoceros Gracilis | AFEDELGAQPPLGFFDPLGLVXXXXXXXDGDQEKFDRLRYVEIKHGRISMLAVVGYLVQEAGVRLPGTIDYSGKTFAEIPNGFAAFKEIPAGGLVQLLFFIGVLESSVMRDLTXXXXXXXXXXXXXXXTFDEETQFKKRAIELNQGRAAQMGILALMVHEQLGVSLLPXXXXXXXXXX |
| FCP-E | 10 | 178 | Chaetoceros Gracilis | AFEDELGAQPPLGFFDPLGLVXXXXXXXDGDQEKFDRLRYVEIKHGRISMLAVVGYLVQEAGVRLPGTIDYSGKTFAEIPNGFAAFKEIPAGGLVQLLFFIGVLESSVMRDLTXXXXXXXXXXXXXXXTFDEETQFKKRAIELNQGRAAQMGILALMVHEQLGVSLLPXXXXXXXXXX |
| FCP-A | 1 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 2 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 3 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 4 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 5 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 6 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 7 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 8 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 11 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 12 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 13 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 14 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 15 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 16 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 17 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-A | 18 | 172 | Chaetoceros Gracilis | ENELGAQPPLGFFDPLGLVEDGNQAKFDRLRYVELKHGRISMLAVVGYLIEKAGIRLPGNISYDGTTFADIPDGFAALSKIPDAGLFQLFAFIGFLEVFVMKDITGGEFVGDFRNGFIDFGWDSFDEETKLKKRAIELNQGRAAMMGILALMVHEKLIPLGYDADLPIIGHL |
| FCP-F | 9 | 166 | Chaetoceros Gracilis | AFEDELGAQPPLGFFDPLGLVADGDQEKFDRLRYVEIKHGRISMLAVVGYLVQEAGVRLPGTIDYSGKTFAEIPNGFAAFKEIPAGGLVQLLFFIGVLESSVMRDLTGEAEFVGDFRNGAIDFGWDTFDEETQFKKRAIELNQGRAAQMGILALMVHEQLGVSLLP |
| FCP-F | 19 | 166 | Chaetoceros Gracilis | AFEDELGAQPPLGFFDPLGLVADGDQEKFDRLRYVEIKHGRISMLAVVGYLVQEAGVRLPGTIDYSGKTFAEIPNGFAAFKEIPAGGLVQLLFFIGVLESSVMRDLTGEAEFVGDFRNGAIDFGWDTFDEETQFKKRAIELNQGRAAQMGILALMVHEQLGVSLLP |
| PsbC | C | 450 | Chaetoceros Gracilis | IAGRDIESTGFAWWSGNARLINVSGKLLGAHVAHAGLMVFWAGAMVLFEVSHFVPEKPTYEQGFILIQHLATLGYGIGPGGEITSTVPYFAVGVIHLISSAILGFGGIYHSLLGPDTLEESFPFFGYDWRDKNKMTTILGIHLCLLGLGSFLLVIKAMYLGGVYDTWAPGGGDVRYITTPTLNPIVIFGYVFRSPFGGDGWVVSVNNMEDVIGGHIWVGILCIVGGIWHIFTKPFAWARRAFVWSGEAYLSYSLAAISLMGFTAALYSWYNNTAYPSELYGPTGPEASQAQAFTFLVRDQRLGANVSSAQGPTGLGKYLMRSPSGEIIFGGETMRFWDLRAPWVEPLRGPNGLDINKIKNDIQPWQERRAAEYMTHAPLGSLNSVGGVATEINSVNYVSPRSWLCCSHFFLAFFFLVGHWWHAGRARAAAAGFEKGIDRDFEPVLSMTPL |
| PsbD | D | 341 | Chaetoceros Gracilis | RGLFDLVDDWLKKDRFVFVGWSGLLLFPTAYLAAGGWMTGTTFVTSWYTHGLASSYLEGCNFLTAAVSTPANSVGHSLLLLWGPEAQGDFTRWCQIGGLWTFVALHGAFGLIGFCLRQFEIARLVGIRPYNAIAFSGPIAVFVSVFLLYPLGQASWFFAPSFGVAAIFRFLLFLQGFHNWTLNPFHMMGVAGILGGALLCAIHGATVENTLFEDGDAANTFRAFTPTQSEETYSMVTANRFWSQIFGVAFSNKRWLHFFMLFVPVTGLWTSSIGIVGLALNLRAYDFVSQELRAAEDPEFETFYTKNHLLDEGIRAWMAAQDQPHENFVFPEEVLPRGNAL |
| PsbE | E | 79 | Chaetoceros Gracilis | STGERPFSDIITSVRYWIIHSITIPSLFVSGWLFISTGLAYDVFGTPRPNEYFTQDRQQVPLVNDRFSAKQELEDLTKG |
| PsbF | F | 32 | Chaetoceros Gracilis | PIFTFRWLAVHGLAIPTVFFLGGITAMQFIQR |
| Psb31 | G | 179 | Chaetoceros Gracilis | MKLSIAALLVTSVAAFAPSTVERTSTALNMDRRSAFAQIATAGAVLAGIPSIASADGSVSAATINRARGLYGDRIAALKDAVAAGDFKAIAEEKNAFILFNSGAYPTNKAKKNAAIAQTNEIFKAIRSGDKAAVKSAYDAYMAANDIRPLPEINANIGQGYSSDFDFRVRTKAGAIYVR |
| Photosystem II reaction center protein H | H | 65 | Chaetoceros Gracilis | ALRTRLGEILRPLNAEYGKVAPGWGTTPIMGIVMLAFLIFLVIILQIYNSSLIIENVDVDWANGI |
| PsbI | I | 34 | Chaetoceros Gracilis | MLTLKILVYTTVIFFVSLFIFGFLSSDPSRNPNR |
Experimental Data
Method: ELECTRON MICROSCOPY