Advanced Search:
8FWD
Fast and versatile sequence- independent protein docking for nanomaterials design using rpxdock
PDB DOI: 10.2210/pdb8fwd/pdb
Classification: DE NOVO PROTEIN Organism(s): Synthetic Construct
Deposited: 2023-01-20 Deposition Author(s): Baker, D. , Borst, A.J. , Skotheim, R.
Experimental Data Snapshot
Method: ELECTRON MICROSCOPY Resolution: 3.67 Å
Fast and versatile sequence- independent protein docking for nanomaterials design using rpxdock
Baker, D. , Borst, A.J. , Skotheim, R.
Primary Citation of Related Structures: 8FWD
| Proteins | ||||
|---|---|---|---|---|
| Molecule | Chains | Sequence Length | Organism | Sequence |
| O43-rpxdoc-EK1_A | 0 | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | 2 | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | 4 | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | 6 | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | 8 | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | B | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | D | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | F | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | H | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | J | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | L | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | N | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | P | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | R | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | T | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | V | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | X | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_A | Z | 242 | Synthetic Construct | EEAELAYLLGELAYKLGEYRIAIRAYRIALKRDPNNAEAWYNLGNAYTKQGDYDEAIEYYLRALVLDPNNAEAATNLGQAYMNQGDKDRAKLMLLLALKLDPNNDSARVILGVAKVGIEELAKLASQAQQEGDSEKQKAIELAAEAARVAQEVGDPELEKLALEAARRGDSEKAKAILLAAEAARVAKEVGDPELIKLALEAARRGDSEKARAILEAAERAREAKERGDPEQIKKARELAKR |
| O43-rpxdoc-EK1_B | 1 | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | 3 | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | 5 | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | 7 | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | 9 | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | A | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | C | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | E | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | G | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | I | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | K | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | M | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | O | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | Q | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | S | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | U | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | W | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
| O43-rpxdoc-EK1_B | Y | 139 | Synthetic Construct | DVSALAYVMLGLLLSLLNRLSLAAEAYKKAIELDPNDALAWLLLGSVLEKLKRLDEAAEAYKKAIELKPNDASAWKELGKVLEKLGRLDEAAEAYLIAIMLDPEDAEAAKELGKVLEKLGELEMAEEAYKLAIKLDPND |
Experimental Data
Method: ELECTRON MICROSCOPY
Deposited Date: 2023-01-20 Deposition Author(s): Baker, D. , Borst, A.J. , Skotheim, R.